تست غربالگری نوزادی به روش MS/MS برای ۳۴ بیماری متابولیک اولیه طراحی شده است و در حین این تست حدود ۲۴ بیماری دیگر هم به صورت ثانویه ممکن است شناسایی شود. متاسفانه این روش قادر به شناسایی تمام موارد بیماری‌های متابولیک که بیش از ۷۰۰ نوع را شامل می شود نبوده و تنها موارد شایع و قابل درمان را در بر می‌گیرد. در عین حال همین موارد شایع نیز چنانچه از نوع خفیف باشند ممکن است در تست غربالگری قابل تشخیص نباشند. در برخی از موارد نیز نتایج مثبت در تست غربالگری نوزادی ممکن است به دلیل ابتلا به بیماری متابولیکی نبوده و مربوط به علل محیطی و یا زایمانی باشد که موجب نتایج مثبت کاذب در تست می‌شوند.

از این رو برای مرحله دوم، تست‌های تکمیلی جهت تایید، تشخیص و یا رد موارد مشکوک طراحی شده‌اند که شامل بررسی آمینواسیدهای خون به روش HPLC – آسیل کارنیتین‌های پلاسما به روش LC MS/MS- کروماتوگرافی آمینواسید و قند ادرار- بررسی اسیدهای ارگانیک ادرار به روش  GC-MS و سایر تست ها مانند قند- اسیدخون-آمونیاک- لاکتات و پیرووات- تست های کبدی و کلیوی – کتون ادرارو… می‌باشد. در برخی موارد ممکن است نیاز به انجام تست‌های مرحله سوم مانند بررسی مایع مغزی– نخاعی و یا تست های تهاجمی مانند بیوپسی کبد- پوست یا عضله برای بررسی‌های آنزیمی نیز باشد.

انجام تست‌های تکمیلی نه تنها در مواردی که تست غربالگری مثبت می‌شود بلکه در سایر مواردی که تست غربالگری نرمال بوده اما علایمی دال بر بیماری‌های متابولیک مانند تاخیر تکاملی- تشنج بدون علت- شلی عضلانی- بزرگی کبد و طحال- استفراغ مکرر- افت قند خون- افزایش اسید و یا آمونیاک خون و… وجود داشته باشد، ضروری است.

نهایتا پزشک معالج بر اساس نتایج این تست ها قادر به تعیین نوع بیماری بوده و تست ژنتیک مرتبط با بیماری مورد نظر را به منظور تشخیص قطعی و تایید نهایی بیماری درخواست می‌نماید؛ که برای انجام تست‌های پیش از تولد به عنوان یک تست پیش نیاز و ضروری می‌باشد و بدون انجام آن امکان آمنیوسنتز و پیشگیری از تولد فرزند مبتلا وجود نخواهد داشت.

متاسفانه در بسیاری از موارد بیومارکر مشخصی برای تشخیص قطعی بیماری وجود ندارد و ممکن است از همان ابتدا انجام تست‌های وسیع ژنتیکی مانند (Whole Exome Sequencing (WES  به روش (Next Generation Sequencing (NGS  برای تشخیص قطعی بیماری توصیه گردد.

 بایستی توجه داشت که انتخاب نوع تست تکمیلی به عهده متخصص متابولیک می باشد چرا که بسته به نوع بیماری احتمالی، آزمایش‌های متفاوتی وجود دارد که با محدود کردن آنها می‌توان از انجام موارد غیر ضروری که اغلب گران و زمان بر نیز می‌باشند اجتناب نمود.