سونوگرافی جامع سه‌ماهه دوم بارداری بین هفته ۱۶ تا ۲۲ بارداری صورت می‌گیرد. در بارداری‌هایی که سن آن‌ها به‌خوبی تعیین شده است و به نظر می‌رسد نیاز به آمنیوسنتز ندارند بررسی در هفته ۲۲-۲۰ بهترین شرایط سونوگرافی غربالگری سه‌ماهه دوم بارداری است. همچنین اگر بارداری به‌خوبی تعیین سن نشده باشد انجام زودتر اسکن جهت تعیین سن دقیق و بررسی آناتومی جنین موردنیاز است. در ایران باید توجه داشت که در صورت وجود ناهنجاری که تأیید سقط قانونی داشته باشد نیاز به پزشک قانونی جهت اخذ مجوز سقط قانونی قبل از ۱۸ هفته و ۶ روز است؛ لذا بهتر است زمان انجام ناهنجاری اسکن به فرمی برنامه‌ریزی گردد تا در صورت وجود ناهنجاری منجر به سقط، تشخیص آن در زمانی انجام گردد که قبل از ۱۸ هفته و ۶ روز باشد.
اگر در بررسی جنین، ناهنجاری مشاهده نشود زمان انجام سونوی آنومالی‌اسکن حداقل ۳۰ دقیقه است و در صورت وجود ناهنجاری در جنین قطعاً زمان بررسی باتوجه‌به نوع ناهنجاری گاهی حتی بیش از یک ساعت است. در سونوگرافی آنومالی اسکن، تمام ارگان‌ها و اندام‌های جنین به شکل جامع و مشخص بررسی و اندازه‌گیری شده و اندازه‌گیری‌های انجام شده با جداول مرجع مقایسه می‌شود تا نحوه رشد و تکامل جنین و استاندارد و یا غیراستاندارد بودن نحوه رشد و تکامل جنین مشخص شود.
لازم به ذکر است حدود ۴۰ درصد ناهنجاری‌های جنین در سونوگرافی آنومالی اسکن سه‌ماهه دوم قابل تشخیص نمی‌باشد و نیاز به بررسی آن‌ها در سونوگرافی آنومالی سه‌ماهه سوم است که تحت عنوان Late onset anomaly scan شناخته می‌شود لذا نباید انتظار داشت که در زمان انجام آنومالی اسکن سه‌ماهه دوم بتوان همه ناهنجاری‌های جنین را بررسی نمود.
در سونوگرافی جامع سه‌ماهه دوم بارداری (آنومالی اسکن) موارد زیر بررسی می‌شوند:
- بررسی سیستم عصبی مرکزی
- بررسی صورت شامل:
- بررسی قلب شامل:
- بررسی قفسه صدری.
- بررسی ریه‌ها.
- بررسی شکم (Abdomen) شامل: بررسی جدار شکم (از نظر بررسی فتق نافی)- بررسی دیافراگم‌ها - بررسی معده و روده‌ها و بررسی محل آناتومیک معده - بررسی کلیه‌ها و مثانه. ناهنجاری‌های سیستم ادراری شامل آژنزی کلیه‌ها، کلیه‌های پلی کیستیک، دیسپلازی کلیه‌ها و انسداد در مسیر سیستم ادراری و کیست‌های ساده کلیه‌ها و… است و حدود ۵۷٪ ناهنجاری‌های سیستم ادراری قبل از هفته ۲۴ بارداری تشخیص داده می‌شوند.
- بررسی عروق بندناف.
- بررسی اندام‌ها شامل: بررسی استخوان‌های بازو، ساعد، ران، ساق پا و بررسی دست و کف پا، بررسی محور و ساق پا و تاحدامکان بررسی انگشتان. لازم به ذکر است بررسی انگشتان پا از نظر تعداد بخصوص در مادران چاق به‌خوبی مقدور نمی‌باشد. همچنین بررسی چسبندگی انگشتان پا نیز مقدور نمی‌باشد.
- بررسی شریان‌های رحمی: شریان‌های رحمی بدون استثنا در تمامی مراجعه‌کنندگان به مؤسسه پزشکی نسل امید بررسی می‌شود. بررسی شریان‌های رحمی در سه‌ماهه اول بارداری جهت بررسی احتمالی پره اکلامپسی و بررسی شریان‌های فوق در زمان انجام آنومالی اسکن (سونوگرافی آنومالی سه‌ماهه دوم بارداری) وضعیت خون‌رسانی از مادر به جنین را مشخص می‌کند و در صورت کاهش جریان خون (Flow) در شریان‌های فوق˓ توصیه به انجام سونوی کالر داپلر شریان‌های رحمی در هفته ۲۵ حاملگی می‌شود.
- بررسی سرویکس، تخمدان‌ها˓ حجم مایع اطراف جنین و جفت.